L'agriculture est une activité essentielle du territoire. Elle représente environ 85% du territoire du Parc, et 6,5% de la population active. L'activité agricole participe directement à la gestion qualitative de l'espace et des milieux, y compris des plus fragiles (plus des deux-tiers des zones humides du parc sont agricoles).

Sur ces zones prioritaires de vallée, mais aussi sur le reste du territoire, l'enjeu est d’accompagner les agriculteurs à une meilleure prise en compte de l’environnement au sein de leurs exploitations. Cela passe par l’acquisition de connaissances scientifiques sur les milieux agricoles, des actions de sensibilisation et de formation, mais surtout par la mise en œuvre concrète de contrats (Mesures Agro-Environnementales Territorialisées) destinés à préserver l’environnement sur l’exploitation agricole. Enfin, pour concilier économie et environnement, des démarches de valorisation des produits et des savoir-faire agricoles issus de cette gestion patrimoniale de l’espace sont mises en œuvre.