La mission environnement du Parc a pour objectif de connaître, maintenir et développer la qualité environnementale de son territoire, avec pour enjeu majeur les zones humides de la Vallée de Seine. Celles-ci représentent 20 % de la superficie du Parc.
Les actions de connaissance réalisées en amont sur la faune et la flore ainsi que sur les milieux grâce à des études naturalistes, permettent d'agir. Des outils tels que Natura 2000 ou le pâturage extensif, les Contrats d'Agriculture Durable et les actions de sensibilisation permettent de mener des actions concrètes de préservation sur les milieux naturels.